Prefekt (łac. praefectus – przełożony) – w Kościele katolickim, tytuł przewodniczących kongregacji watykańskich. Prefektem watykańskiej kongregacji mianuje papież jako najwyższy prawodawca i pasterz w Kościele katolickim.
Mianem prefekta określa się także duchownego-katechetę oraz pomocnika rektora seminarium duchownego.